關於購車後，車商開出的發票問題

各位大大，您好!
小弟心中有個疑問，關於購車後，車廠所開出來的發票~

首先，不管車價多少，協議後的車價假如是一百萬~
當然，我們也從口袋掏出一百萬買車~
那車商的發票該開多少錢才合理??
因為業代拿給我的發票上，跟實際付出買車的金額有落差~足足差了一萬元!
她們解釋，那些挪出來的錢，是拿來買車上(凹)的配件!!
由配件的廠商開發票給她們公司!
這樣合理麻?凹的配件在合約書上已經有註明~
是我被騙了嗎?還是每台車交易的時候都會有這樣的情形?
這張發票對於日後的保險有無影響?如竊盜險之類的!

小弟第一次購車，經驗不足，
希望有經驗的大大可以幫小弟解惑~~~