[問題]10/3，土地賠償金與土地徵收的差別？

事情是這樣的：

小弟的家位於台南市北區，我們家後面有一條大水溝，這條水溝大概在20年前用箱涵埋了起來，然後地表則用水泥鋪著，水溝的另一邊是一塊空地，差不多有300多坪，這塊地經過很多人的手，二胎、三胎以後被台新銀行買下，後來台新又賣給一間建設公司。

而這間建設公司並不知道他們的地與我們這一排房屋相連的地方是一條水溝，等到點交的時候才知道，於是他們去申請把這條水溝箱涵移到馬路上，這樣他們就可以把水溝填起來，才可以當建地，如下圖：（我畫的很爛，希望大家能看懂）
圖中藍色的部分是原本的水溝箱涵，而紅色的部分則是新的箱涵設置處。(兩條緊連著我家)

P.S.新的箱涵寬3米、深1.5米、長100米。

9/20的時候，台南市工務局有在我們這裡的活動中心開工程說明會，我們去開會時也很配合(因為這條水溝每換一個地主，就會出一次類似這樣的問題，不過這次的地主動作比較大)，由於我們家還有7坪餘的土地在馬路上，也剛好是工務局規劃新設箱涵的地方，我們也有意願配合徵收；

不過這禮拜一(9/25)，我們想到舊的箱涵填起來後，那我們這一排的排水系統、化糞池呢？於是問建設公司，他說他們沒有負責，要我們問台南市工務局，而工務局的回答是，他們的經費只有到箱涵的部分，我們的排水、化糞池都要我們未來再自行建造！聽到這種回答，就傻眼了！為什麼政府做事，然後要人民買單？

後來叫那位工務局的主任來我們家看，起先不太理我們這一戶，更甚者，還說我們可以把排水系統、化糞池挖在家裡面，聽了很讓人生氣！因為長久以來，我們的排水系統就是靠著舊的水溝(我祖母90歲了，她19歲嫁過來時，這條水溝就存在了)，現在因應都市計畫，所以要把水溝箱函移到馬路上，可是我們的損失卻要自己吸收，真是太無理了！後來我們這一排的住戶全部都出來，那主任才好言好氣的說，他要回去問問看。

而我也有上網寫信給台南市長申訴，當然，收到的回答都是很官腔的回答，說什麼會交給相關單位處理，請問一下各位伙伴，像這樣的問題該怎麼處理比較好？謝謝大家！

P.S.已經有請我姨丈把申訴書寫好，準備交給立委，可是我還想知道有沒有其他更好的方法呢！我們的底限是：如果要移箱涵到我們家前門的馬路上，那至少排水系統、化糞池等都要幫我們負責好，不然我們一定會反對這工程到底！(其實我們也不太想進行這工程！因為我們是一間小公司，這樣要上下貨都很不方便)