國際觀察家嘗試從多個角度來解釋中國政府鎮壓法輪功的原因,包括法輪功的流行、法輪功獨立於政府(組織控制)並拒絕聽中國政府的話、中國政府內部權力鬥爭、以及法輪功的道德和精神內涵與無神論的馬克思主義不相容。例如有西方學者提出,江澤民個人對於法輪功和李洪志廣受歡迎感到妒忌和憤怒,以及江澤民決心要以馬克思主義與法輪功作意識形態鬥爭的需要,是隨後發生的鎮壓運動的原因所在。[75][104] 新華社聲明:「法輪功反對中國共產黨和中央政府,追求唯心主義、有神論和封建迷信」;[105]新華社斷言,法輪功的真、善、忍原理與中國共產黨努力實現的社會主義道德理念和文化進步沒有絲毫共同點,因此有必要摧毀法輪功,以維護共產黨的先進地位和純潔性。[106]在鎮壓起初,其他發表在中國國家級媒體上的評論也聲稱法輪功必須被打敗,因為法輪功的有神論哲學與馬列唯物主義不相容。[106] 《華盛頓郵報》報導,江澤民主張「法輪功必須被消滅」,但並非所有政治局常委就與總書記江澤民有共識[107],但政治局並未有力地抵制江的鎮壓決定。[108]《CNN》分析稱,江澤民可能希望透過文革式運動迫使高級官員效忠以增強江個人權威,從而在接下來的中國共產黨十六大換屆,能占據支配高級官員[109]。 加拿大環球郵報報導,任何未在中國政府控制之下的團體均被視作一個威脅[110]。;政府僅保護五個政府許可的"愛國"宗教,而未登記的宗教,即是在政府許可的宗教之外,容易受到鎮壓。[111] 知名記者Craig S. Smith在《紐約時報》稱,共產黨政府沒有精神信仰,欠缺在道德上戰勝精神對手的信譽,因此對於任何挑戰共黨意識形態、且有能力組織自己的信仰體系,政府會感到威脅。[112] David Ownby也同意法輪功構成了共產黨對中華民族統治地位的挑戰,法輪功喚起了一種與共產黨不同的中國傳統和當代價值觀,令共黨感受到威脅,因為法輪功否定了共產黨「對中國民族主義和中國人作定義」的唯一權力。[113]Julia Ching在《American Asian Review》表示,法輪功信仰體系代表了中國傳統宗教的復興,被眾多中國共產黨黨員和軍隊成員所奉行,這一事實特別令江澤民感到困擾;江澤民把法輪功視作,在意識形態領域對「中國共產黨崇尚鬥爭的無神論和歷史唯物主義」構成威脅的精神信仰,希望在政府和軍隊消滅之。[65]趙月枝認為,法輪功學員已經建立了一種「抗拒性的身份認同」(resistance identity),與中國社會盛行的對金錢、權力、科學的追求以及中國現代化的整個價值體系相對立。[114]Sumner B Twiss認為,法輪功是中國本土的精神和道德傳統的一個文化復興運動,與中國共產黨的中國特色馬克思主義完全對立。[115]Vivienne Shue認為,法輪功展現了對共產黨合法性的全面挑戰。[116] 法輪功的創建者李洪志在2004年1月中國新年曾受訪談中國共產黨鎮壓原因:「那就是出於妒嫉,因為掌權者的妒嫉造成了這場迫害,儘管法輪功是為社會好,是為民眾好,學功的人數很多,在一些人眼裏看到的就是他們自己的權力,他是不管民眾疾苦的,那麼他就不能容忍法輪功有這麼多人來學。」著名記者丹尼·謝克特指這段表述具重要意義,丹尼認為「似乎與其說他(指李洪志)對中國領導人感到氣憤,不如說他憐憫他們」,中國領導人已認識到自己處於意識形態的死胡同,人民無法再相信共產主義,而妒嫉法輪功能激勵並吸引眾多民眾[117]:18。